Az első táplálék-kiegészítőként árult termékek szójafehérje alapúak voltak. A szójafehérjét általában komplett azaz teljes értékű fehérjeként kezelik, ám ez táplálkozástudományi körökben még mindig vitatott. Relatíve magas BCAA és glutamin tartalma, azonban metionin tartama, mely szintén egy esszenciális aminosav különösen alacsony.

A szója fehérjék ennek ellenére sokáig uralták a piacot, alapvetően alacsony költségük és relatíve jól ízesíthetőségük végett. Oldhatóságuk kevéssé jó, a jó minőségű instatntizált termékek is „lisztes” állagúak.
A szójafehérjék ellen előnyös oldalai ellenére, az utóbbi években egyfajta boszorkány üldözés indult. Ennek alapja, hogy tartalmaz olyan úgynevezett izoflavonoidokat melyek ösztrogenikus hatással lehetnek, így erre érzékeny férfi sportolók számára nem a legjobb választás.

A közelmúlt számos publikációja utalt rá, hogy néhány izoflavon negatív hatással lehet az izomfejlődésre. A kapcsolódó tanulmányok szerint a szója ilyen formában csökkenti a fehérjeszintézis ütemét így a protein felhalmozást és beépülést.

Emellett azt is kimutatták, hogy a szója a myoblast termelés és aktivitás inhibitora. Összefoglalva tehát alacsonyabb szintű fehérjeszintézis, csökkent myoblast aktivitás és növekedés. A sor a hormonális hatásokkal folytatható. A szója ugyanis negatív hatást gyakorol a beta-hydroxysteroid dehidrogenáz és az 5-alfa reduktáz nevű enzim aktivitására. Ezen a két enzim csökkent szintje a tesztoszteron termelés csökkenéséhez vezet. És hogy mindez ne legyen elég a szója az androgén receptorok érzékenységét is csökkenti. És a kálvária még itt sem ér véget, ugyanis néhány friss publikáció a szójafogyasztás immunszupresszív, azaz immunrendszert gyengítő hatását is kimutatta. Mind állatokon-, mind embereken végzett kutatások a T-lymphocyta (a fehérvérsejtek egyik fajtája) termelés 80 %-os csökkenését mutatta ki. Női atléták ennek ellenére profitálhatnak belőle lévén könnyíti a menstruációs problémákat, javítja a csontsűrűséget és az anyagcserét.