Az izolálás olyan eljárásokat takar melyekkel magasabb fehérje tartalom érhető el, alacsonyabb zsír és nátrium tartalom mellett és közel laktóz-mentes készítmények is előállíthatók.

Az ion cserélt tejsavó fehérjék előállítása során a hőmérséklet, oldószer és kémhatás változás hatására válnak szét a tejsavó összetevői. Az ioncserélés eljárását mintegy 15 éve egy Welsh nevű mérnök alkalmazta először. Az eljárás a különböző töltésű molekulák negatív és pozitív töltésű elektródok közti szétválasztásán alapul. Jellemzően egyfajta gyantát használnak a fehérje rész leválasztására, a ph szint azaz a kémhatás alakításával.
Az eljárás végeredményeként 90 százalék feletti fehérje tartalom érhető el, 1 % alatti laktóz tartalom mellett. S bár az ioncseréléssel kiváló tisztaságú, kiemelkedően magas protein tartalmú fehérje nyerhető. Az eljárás során a fehérje egy része denaturálódhat, s így az értékes mikrofrakciók elpusztulnak, arányuk eltolódik. Egy vizsgálat szerint a béta-laktoglobulin szintje közel 70 %-os lesz, míg az alfa-laktalbumin aránya mintegy 10 %. Az anyatejben a reláció fordított, a béta-laktoglobulin pedig a leginkább allergén frakció. Az ioncseréléssel előállított izolátum emellett gyakorlatilag nem tartalmaz olyan értékes frakciókat, mint a laktoferrint, ami egy erős antivirális (vírus ellenes) és immunerősítő tulajdonságú peptid.

Egy másik technika mikroszűrés, mely olyan eljárásokat takar ahol mikroszkopikus lyukakkal rendelkező membránon vezetik át a kiindulási anyagot. Továbbfejlesztett változata a nano-szűrés amikor a membrán lyukai még kisebb még apróbbak, valahol a nano-tartomány határán. Az eljárás nyomán 85-86 % fehérje tartalom érhető el, 1 % alatti zsírtartalom mellett. Ezen eljárások egyike a védjeggyel levédett CFM metódus. A CFM (kereszt-áramú mikroszűrés) eljárás során egy speciális kerámiaszűrő segítségével választják el a fehérjét a nemkívánatos összetevőktől, nagyon kíméletes eljárás, gyakorlatilag sértetlen mikrofrakciók maradnak hátra, közel laktóz és zsírmentes végtermék állítható elő, magas kalcium és alacsony nátrium tartalommal. A mikroszűrési eljárásokkal némileg magasabb zsír és laktóztartalmú végtermék nyerhető, mint az ioncseréléssel ugyanakkor a tejsavó természetes tulajdonságait és mikrofrakcióit jól konzerválja.